各种成本的普遍上涨，也让化肥企业苦于应对。  首先是生产用电价格上调。国家发展改革委经商国家电监会、国家能源局已经出台了电价调整方案，自2009年11月20日起将全国电价平均每度提高2.8分，这给氮肥、磷肥企业增加了不少成本。有生产厂家统计，氮肥企业尿素的每吨生产成本将直接提高28-35元。 另外，天然气价的上调也已经是箭在弦上。据了解，按照用途划分，中国的天然气分为民用天然气、工业用天然气和化肥用天然气，不同用途的天然气价格不同，目前化肥生产用用天然气的价格一直享受优惠。但有报道称，有关部门已经向国务院提交天然气价格改革提案，有可能把生产化肥用的天然气价格每立方米提高0.3-0.6元。 化肥铁路运费也在上涨。根据国家发改委和铁道部下发《关于调整铁路货物运输价格的通知》，自2009年12月13日起，将国家铁路货物统一运价平均提高0.007元/吨千米。运营价格由平均每吨千米6.31分提高到7.01分，铁路建设基金维持现行每吨千米3.3分钱的标准不变。本次上涨后，农用化肥1000千米运距每吨运费上涨5.8元，2000千米运距每吨上涨11.2元。 生产、运输成本的上涨，是导致2009年末肥料价格走高的直接原因。2010年成本还将如何变动，也在时时撩动肥料业界的神经。